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#include "nll_occu.h"
using namespace Rcpp ;
SEXP nll_occu( SEXP yR, SEXP Xr, SEXP Vr, SEXP beta_psiR, SEXP beta_pR, SEXP ndR, SEXP knownOccR, SEXP navecR, SEXP X_offsetR, SEXP V_offsetR, SEXP link_psiR ) {
arma::icolvec y = as<arma::icolvec>(yR);
arma::mat X = as<arma::mat>(Xr);
arma::mat V = as<arma::mat>(Vr);
arma::colvec beta_psi = as<arma::colvec>(beta_psiR);
arma::colvec beta_p = as<arma::colvec>(beta_pR);
Rcpp::IntegerVector nd(ndR);
Rcpp::LogicalVector knownOcc(knownOccR);
Rcpp::LogicalVector navec(navecR);
arma::colvec X_offset = as<arma::colvec>(X_offsetR);
arma::colvec V_offset = as<arma::colvec>(V_offsetR);
std::string link_psi = as<std::string>(link_psiR);
int R = X.n_rows;
int J = y.n_elem / R;
//Calculate psi
arma::colvec psi_lp = X*beta_psi + X_offset;
arma::colvec psi(R);
if(link_psi == "cloglog"){
psi = 1 - exp(-exp(psi_lp));
} else {
psi = 1.0/(1.0+exp(-psi_lp));
}
//Calculate p
arma::colvec logit_p = V*beta_p + V_offset;
arma::colvec p = 1.0/(1.0+exp(-logit_p));
double ll=0.0;
int k=0; // counter
for(int i=0; i<R; i++) {
double cp=1.0;
for(int j=0; j<J; j++) {
if(!navec(k))
cp *= pow(p(k),y(k)) * pow(1-p(k), 1-y(k));
k++;
}
if(knownOcc(i))
psi(i) = 1.0;
if(nd(i)==0)
ll += log(cp * psi(i) + DBL_MIN);
else if(nd(i)==1)
ll += log(cp * psi(i) + (1-psi(i)) + DBL_MIN);
}
return wrap(-ll);
}
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